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dominiksteiger

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Interested in politics and policy, science and health, the analogue going digital, and endemic delusion. Views my own. Maybe now indexed by tootfinder.

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Schätzung für Zürich aufgrund Kalibrierung der Abwasserprävalenzen Werdhölzli, Daten bis 12. Mai:

Inzidenz ~700.

Ca. jede 140. Person infiziert sich pro Woche.

Seitwärtsbewegung, wie letzte Woche bereits in Genf und Lugano, sowie in D.

https://swiss.social/@dominiksteiger/112423501422120854

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Die Tabelle gibt kumulative Inzidenzen basierend auf der Kalibrierung für Werdhölzli, sowie diejenigen basierend auf SentiSurv RLP und AMELAG.

Es ist seit Mitte Januar praktisch alles JN.1* (Pirola), mit mutmasslich steigendem Anteil an FLiRT-Derivaten und KP.3*.

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Die Kalibration Werdhölzli ist unabhängig von SentiSurv RLP definiert, lief aber im Sommer 2023 parallel.

Ende März 2024 betrug die letzte Inzidenz SentiSurv RLP am 27.03. 244. Die Kalibration Werdhölzli vom 31.03. 300.

Schönes Wochenende!

Quellen:
https://swiss.social/@dominiksteiger/112264182677401004

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Preprint: Excellent protection by the XBB.1.5 monovalent Covid vaccine in large Scandinavian cohort.

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.05.08.24307058v1

dominiksteiger,
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1.9 million matched pairs.

"This corresponded to 191.1 (95% confidence interval, 50.2 to 332.1) covid-19 hospital admissions and 109.2 (100.2 to 118.1) deaths prevented per 100,000 individuals vaccinated with an XBB.1.5-containing vaccine."

dominiksteiger,
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Complete shame for Switzerland, where national-level vaccination statistics are not even available.

How many 65+ were vaccinated with the XBB.1.5 monovalent vaccine in Switzerland?

How many hospitalisations and deaths were not prevented in Switzerland?

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Schätzung für Zürich aufgrund Kalibrierung der Abwasserprävalenzen Werdhölzli, Daten bis 5. Mai:

Inzidenz ~900.

Ca. jede 110. Person infiziert sich pro Woche.

Ansteigende Tendenz auch in D, A, F, UK.

https://swiss.social/@dominiksteiger/112378487334079647

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Genf und Lugano zeigen interessanterweise tiefere Werte im Vergleich zu den lokalen Höchstwerten der Vorwoche.

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Die Tabelle gibt kumulative Inzidenzen basierend auf der Kalibrierung für Werdhölzli, sowie diejenigen basierend auf SentiSurv RLP und AMELAG.

Es ist seit Mitte Januar praktisch alles JN.1* (Pirola), mit mutmasslich steigendem Anteil an FLiRT-Derivaten und KP.3*.

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Die Dekonvolutionen aus dem Abwasser unterscheiden in CH im Moment leider keine JN.1*-Derivate.

Probensequenzierung in Europa:

Multilineage JN.1 Spike with S:R346T and S:F456L ("FLiRT"), 704 von 1'036 Seqs UK

Rechte Figur: KP.3, 130 von 153 Seqs UK

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Quellen: Siehe unten und Link.

Schönes Wochenende!

Collection 42: https://cov-spectrum.org/collections/42

https://swiss.social/@dominiksteiger/112264182677401004

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Nachträge:

Die Kalibration Werdhölzli ist unabhängig von SentiSurv RLP definiert, lief aber im Sommer 2023 parallel.

Ende März 2024 betrug die letzte Inzidenz SentiSurv RLP am 27.03. 244. Die Kalibration Werdhölzli vom 31.03. 300.

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Die Kalibration AMELAG ist gemäss Werten SentiSurv RLP Sommer 2023. Mit Faktoren 0.006 oder 0.008. Mit der neusten Version der Daten ist wohl 0.006 adäquater.

Bei den kumulativen Inzidenzen definiere ich ein neues lokales Minimum per Ende März 2024.

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Anstieg bei den deutschen Abwasserdaten (bis 01.05.)

https://swiss.social/@dominiksteiger/112378487334079647

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Ähnliches Bild in Österreich.

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For what it's worth: At an estimated 30% FLiRT (JN.1* (Nextclade) + S:R346T, S:F456L) end of wk 10, the impoverished Singapore Covid monitoring shows reduced ARI levels and reduced SARS2 ARI specimen positivity, when comparing wks 9 and 10.

If the FLiRT subvariants have the capacity to drive Rt over 1, this trend would be expected to turn in the coming weeks.

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Clear signs of a Covid wave (albeit still below last year's May wave) in week 17, with SARS2 positivity among ARI samples at 18%.

No new sequences since weeks in covSPECTRUM.

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Update wk 18 (29.4.-5.5):

Still rising ARI numbers, SARS2 positivity has plateaued at 16%, while flu positivity went down to 10%. It looks like a minor Covid wave.

Updated seqs on covSPECTRUM:

FLiRT variants are highly dominant as per April 24 (50% beginning of April, wk 14).

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Of note, there are almost no KP.3 sequences (15 as compared to 408 FLiRT).

covSPECTRUM queries:

Multilineage JN.1 Spike with S:R346T and S:F456L (FLiRT):

https://cov-spectrum.org/explore/Singapore/AllSamples/Past6M/variants?aaMutations=S%3AR346T%2CS%3AF456L&nucMutations=C22916T%2CT22917G%2CT22926C

KP.3:

https://cov-spectrum.org/explore/Singapore/AllSamples/Past6M/variants?aaMutations=S%3AQ493E&nextcladePangoLineage=JN.1.11.1*

(can't share the link properly, add the star manually)

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Development so far, tabulated.

Note that the covSPECTRUM growth extrapolation, with much fewer seqs, was predicting dominance for wk 14, as the current estimate now shows too.

https://swiss.social/@dominiksteiger/112279678041466048

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And perhaps the peak has been reached in wk 19. That would mean a considerably lower magnitude compared to last year's XBB wave.

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FLiRT sublineages are highly dominant; KP.3 seems not to play a role according to the covSPECTRUM data as of April 25.

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Interesting, the MOH itself is seeing a wave now. They even have case numbers. Did I overlook publication of these numbers?

https://www.news18.com/world/new-covid-19-wave-in-singapore-minister-advises-wearing-of-masks-after-25900-cases-recorded-in-a-week-8895361.html

dominiksteiger,
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According to their numbers, the wave might even have reached last spring wave height.

dominiksteiger,
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Here is their update. Would be nice if they wouldn't have ceased to publish data. Wastewater surveillance could also be considered, for such an advanced city-state.
https://www.moh.gov.sg/news-highlights/details/update-on-covid-19-situation

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Zwei Fragen zu Manuel Battegays Interview in der heutigen NZZ:

Erstens:

Wann waren die Spitaleintritte je "überwiegend mit und nicht wegen Covid"?

Ich sehe es in den Schweizer Daten nicht.

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dominiksteiger,
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Fallsterblichkeit nach Einweisung für Covid höher als für Grippe in der Saison 23/24 (Studie mit Daten aus der Datenbank des US Department of Veterans Affairs).

doi:10.1001/jama.2024.7395

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