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dominiksteiger

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Interested in politics and policy, science and health, the analogue going digital, and endemic delusion. Views my own. Maybe now indexed by tootfinder.

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dominiksteiger, to random
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My median is reached 4 weeks early. (Probably this is still incomplete registration)

Source: https://www.bfs.admin.ch/bfs/en/home/statistics/health/state-health/mortality-causes-death.html

https://swiss.social/@dominiksteiger/112020123684869094

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dominiksteiger, to random
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Three papers of interest regarding Long Covid:

Liew, F., Efstathiou, C., Fontanella, S. et al.

Large-scale phenotyping of patients with long COVID post-hospitalization reveals mechanistic subtypes of disease.

Nat Immunol (2024).

https://doi.org/10.1038/s41590-024-01778-0

Preprint

Dalton et al. Increased fibrinaloid microclot counts in platelet-poor plasma are associated with Long COVID

https://doi.org/10.1101/2024.04.04.24305318

dominiksteiger,
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Peluso et al.

Plasma-based antigen persistence in the post-acute phase of COVID-19.

Lancet Infectious Diseases (2024)

https://doi.org/10.1016/S1473-3099(24)00211-1

dominiksteiger, to random
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Schätzung für Zürich aufgrund Kalibration der Abwasserprävalenzen Werdhölzli, Daten bis 31. März:

Inzidenz ~300.

Ca. jede 330. Person infiziert sich pro Woche.

Ich wünsche Euch ein schönes Sommerwochenende!

https://swiss.social/@dominiksteiger/112184014693818654

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dominiksteiger,
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Die Tabelle gibt kumulative Inzidenzen, basierend auf der Kalibrierung für Werdhölzli, sowie die kumulativen Inzidenzen basierend auf SentiSurv RLP.

Es ist seit Mitte Januar praktisch alles JN.1* (Pirola), mit mutmasslich steigendem Anteil an FLiRT-Derivaten.

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dominiksteiger,
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Quellen:

https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html
https://ibz-shiny.ethz.ch/wastewaterRe/
https://cov-spectrum.org/
https://www.unimedizin-mainz.de/SentiSurv-RLP/dashboard/
https://www.gov.uk/government/statistics/winter-coronavirus-covid-19-infection-study-estimates-of-epidemiological-characteristics-england-and-scotland-2023-to-2024
https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bulletins/coronaviruscovid19infectionsurveypilot/previousReleases

Danke an die WissenschaftlerInnen, die diese Analysen ermöglichen, und an die Behörden, die diese Surveillance finanzieren.

dominiksteiger, to random
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Excess mortality in Switzerland, as of week 12.

(Perhaps exhibiting paschal underreporting)

Source:

https://www.bfs.admin.ch/bfs/en/home/statistics/health/state-health/mortality-causes-death.html

See also:

https://swiss.social/@dominiksteiger/112020107265431272

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dominiksteiger, to H5N1
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The Committee for Medicinal Products for Human Use of the European Medicines Agency has recommended the approval of two vaccines for active immunization against the H5N1 subtype of the influenza A virus.

https://www.medscape.com/viewarticle/europe-greenlights-two-avian-flu-vaccines-2024a10003nj?form=fpf

dominiksteiger,
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https://www.cidrap.umn.edu/avian-influenza-bird-flu/european-advisers-green-light-2-h5n1-avian-flu-vaccines

dominiksteiger,
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https://www.ema.europa.eu/en/news/meeting-highlights-committee-medicinal-products-human-use-chmp-19-22-february-2024

dominiksteiger,
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These two candidates recommended for approval are produced in MDCK cell culture. Which might bode better for scaling than eggs.

https://www.cdc.gov/flu/prevent/cell-based.htm

dominiksteiger, to random
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Der Luftfilter ist agitiert.

dominiksteiger, to random
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Schätzung für Zürich aufgrund Kalibration der Abwasserprävalenzen Werdhölzli, Daten bis 24. März:

Inzidenz ~400.

Ca. jede 250. Person infiziert sich pro Woche.

Möglicherweise lokales Minimum durchschritten, wie bei den deutschen Daten.

https://swiss.social/@dominiksteiger/112139768669682171

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dominiksteiger,
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Die Tabelle gibt kumulative Inzidenzen, basierend auf der Kalibrierung für Werdhölzli, sowie die kumulativen Inzidenzen basierend auf SentiSurv RLP.

Es ist seit Mitte Januar praktisch alles JN.1* (Pirola). Keine Daten über FLiRT-Anteil.

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dominiksteiger,
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Quellen:

https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html
https://ibz-shiny.ethz.ch/wastewaterRe/
https://cov-spectrum.org/
https://www.unimedizin-mainz.de/SentiSurv-RLP/dashboard/index.html
https://www.gov.uk/government/statistics/winter-coronavirus-covid-19-infection-study-estimates-of-epidemiological-characteristics-england-and-scotland-2023-to-2024
https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bulletins/coronaviruscovid19infectionsurveypilot/previousReleases

Danke an die WissenschaftlerInnen, die diese Analysen ermöglichen, und an die Behörden, die diese Surveillance finanzieren.

dominiksteiger,
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Ich hätte dieses Mal auch 300 schätzen können. Nächste Woche wird man mehr wissen.

Die weitere Entwicklung ist sehr schwer abzuschätzen, insbesondere ohne Dekonvolution der FLiRT-Varianten im Abwasser. Proben werden praktisch keine mehr sequenziert.

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dominiksteiger, to random
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Repräsentative Stichprobe SentiSurv RLP per 27. März (vielleicht zum letzten Mal):

7d-Inzidenz 244 [153-369]

Etwa jede 410. Person infiziert sich pro Woche. Kumulative Inzidenz 2023: ~57%. Seit Inzidenzminimum und Start Phase 2, 28.06. bis 27.03.: ~40%.

https://swiss.social/@dominiksteiger/112134097404812930

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dominiksteiger,
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Quelle:

https://unimedizin-mainz.de/SentiSurv-RLP/dashboard/

SentiSurv RLP läuft im Moment parallel zu meiner Kalibrierung für Zürich, wie letzten Sommer.

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dominiksteiger,
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Weil nicht mehr getestet wird, beträgt die Dunkelziffer in Rheinland-Pfalz mittlerweise um die 200. Anbei die Daten der letzten Woche (https://x.com/rv_enigma/status/1770822569463042179?s=20).

Die Infektionshospitalisierungsrate hingegen blieb relativ stabil bei etwa 0.5% (Figur @Panda31808732 auf Twitter)

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dominiksteiger,
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Der mit der SentiSurv-Kohorte gemessene Inzidenzverlauf stimmt weitgehend mit dem Verlauf der deutschen Abwasserprävalenzen überein.

(Figur https://twitter.com/rv_enigma/status/1771099741511672189?s=20)

dominiksteiger, to random
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Ongoing pandemic, update:

The burden of disease by Covid is much higher than the burden by influenza, as evident by UKHSA/NHS SARI Watch data.

Note the scale on the ICU/HDU figures.

Sources:
@jneill on Twitter
https://www.gov.uk/government/statistics/national-flu-and-covid-19-surveillance-reports-2023-to-2024-season

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dominiksteiger,
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We see the same picture with the Swiss data (albeit with a much more severe Covid winter wave, this season):

https://swiss.social/@dominiksteiger/112008994689684395

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dominiksteiger, to random
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For what it's worth: At an estimated 30% FLiRT (JN.1* (Nextclade) + S:R346T, S:F456L) end of wk 10, the impoverished Singapore Covid monitoring shows reduced ARI levels and reduced SARS2 ARI specimen positivity, when comparing wks 9 and 10.

If the FLiRT subvariants have the capacity to drive Rt over 1, this trend would be expected to turn in the coming weeks.

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dominiksteiger,
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And a trend reversal in week 12, with slightly rising ARI numbers and SARS2 positivity, at an extrapolated 60% JN.1* (Nextclade) + S:R346T, S:F456L.

It's a shame that Singapore is left with these limited data. Why wouldn't they at least have wastewater.

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dominiksteiger,
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Update week 13. No wave so far, no new seqs to compare.

dominiksteiger,
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Update week 14. No wave, decreasing ARI numbers. SARS2 positivity among ARI samples has increased to 7.4%, up from 2.3% in week 10. Sadly, Singapore hasn't uploaded seqs since weeks.

dominiksteiger,
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Possibly, rising SARS2 infections are masked by lowering influenza infections, as flu positivity among ILI samples is steadily decreasing.

This is the state of guessing based on the impoverished surveillance.

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