AWStats czy GoAccess analizują logi serwera http. To jest niezależne od możliwych do zablokowania skryptów.
Z kolei nie uwzględnia statystyk dostarczanych przez liczniki javascript ze stron poprawnie cache-owanych przez browsera (nie występuje req do serwera).
Matomo potrafi i tak i tak, choć niełatwo go ustawić w takim trybie. Uwzględnia też DO NOT TRACK.